شناسایی همریخت‌ RNA های بیان شده در ماهیچۀ اسکلتی مرغ بومی و تجاری با روش توالی‌یابی

Authors

Abstract:

این آزمایش به‌منظور بررسی و شناسایی همریخت (ایزوفرم)‌های RNA مرتبط با ساختار پروتئین‌های ماهیچه‌ای بین مرغ بومی اصفهان و جوجۀ تجاری راس با سرعت رشدهای متفاوت، انجام شد. بدین منظور و پس از استخراج کل RNA از نمونه‌های ماهیچۀ سینۀ مرغان یادشده در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش‌ها به ژنگان (ژنوم) مرجع مرغ اهلی، از نرم‌افزار Hisat2 و برای اسمبلی ترانسکریپت‌ها و شناسایی بیان ژن‌های با تفاوت معنی‌دار از بستۀ Cufflinks استفاده شد. مقایسۀ آماری همریخت‌های توالی‌یابی‌شده بین دو گروه، 259 همریخت (161 همریخت در جوجۀ تجاری و 98 همریخت در مرغ بومی) با تفاوت بیان معنی‌دار را مشخص کرد. در بین همریخت‌های جوجۀ تجاری، 4 ژن ACTC1، ATF3، CYR61 و FABP4 هر یک با دو همریخت مختلف افزایش بیان داشتند. در جوجۀ تجاری فراوانی همریخت‌های مرتبط به ماهیچۀ کالبدی (اسکلتی) با انقباضات آهسته بیشتر از همریخت‌های ماهیچۀ اسکلتی با انقباض سریع بود. بررسی عملکردی نشان داد، همریخت‌ها در جوجۀ تجاری در ارتباط با افزونش و تمایز یاخته‌ای، پررشدی (هایپرتروفی) و ساخت پروتئین‌های ساختمانی ماهیچه‌ای بوده درحالی‌که در مرغ بومی مرتبط به فرآیندهای ایمنی، حاملان یون‌ها و فلزها، نوار (باند) شونده‌های به فلزها، DNA و RNA، و عامل‌های شرکت‌کننده در شکست پروتئین‌های ماهیچه‌ای بودند. نتایج این بررسی نشان داد، چنین تغییرهایی به‌احتمال توانسته با کاهش دادن سطح نیازهای مرغ بومی و افزایش توان ایمنی و سازگاری، امکان تداوم و چیره شدن بر شرایط سخت محیطی و غذایی را در طول دورۀ تکاملی این مرغ تقویت کند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

شناسایی و تعیین توالی‌ 7 ژن RNA ناقل میتوکندریایی در مرغ بومی خراسان

هدف این پژوهش بررسی و تعیین توالی نوکلئوتیدی 7 ژن tRNA در ژنوم میتوکندری مرغ بومی خراسان و شناسایی جهش‌های احتمالی در آن بود. بدین منظور پس از نمونه‌ گیری و استخراج DNA از خون، این بخش از ژنوم با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و در پلاسمید pTG19-T در سویه <...

full text

شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq

هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه‌ عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای هم­ترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرم­افزار Hisat2 و جهت سرهم‌بندی رونوشت­ها از بسته نرم­افزاری Stringtie استفاده شد. در مجم...

full text

شناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه ‌عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی در گوسفند و بز

MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that have functional roles in post-transcriptional modification. They regulate gene expression by an RNA interfering pathway through cleavage or inhibition of the translation of target mRNA. Numerous miRNAs have been described for their important functions in developmental processes in numerous animals, but there is limited information about sheep an...

full text

شناسایی چندشکلی گیرنده‌ی یک ژن دوپامین در مرغ بومی خوزستان با استفاده از روش PCR-RFLP

این پژوهش به منظور بررسی چند­شکلی گیرنده­ی یک ژن دوپامین با استفاده از روش PCR-RFLP در مرغ بومی خوزستان انجام شد. به طور تصادفی از 100 قطعه مرغ بومی خوزستان خون گیری شد وDNA نمونه‏ها با استفاده از روش نمکی استخراج شد. واکنش زنجیره‏ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 283 جفت باز(گیرنده­ی یک) ژن دوپامین به کمک آغازگرهای اختصاصی انجام و قطعه تکثیر شده به‏ وسیله آنزیم برشیCfrI هضم شد. فراوانی‏ آلل‏های G و A...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 49  issue 2

pages  179- 191

publication date 2018-08-23

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023